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吴云东教授是国际著名的计算有机化学家,是我国目前理论与计算化学领域的领军人。他早年主要从事有机化学的机理的研究,在自由基取代基效应理论,不对称催化反应的机理及立体化学问题,多肽二级结构的理论研究等方面做出了系统性的工作。近年来他的研究重点转移到生命科学,化学生物学和计算化学指导下的药物设计。不但与合成化学家和生物学家合作,还独立开展生物实验工作。目前主要的研究领域为:金属有机催化及不对称合成,多肽及蛋白质的二级和三级结构,以及基于多肽的药物设计,发展有效的计算方法用来研究蛋白质结构及蛋白质与蛋白质相互作用,并在此基础上进行抗癌症, 抗病毒, 及抗老年痴呆症等的药物设计。吴教授至今已在主流化学刊物上发表论文近一百七十篇,其中六十多篇发表在Science (1), PNAS(1),Acc.Chem.Res.(3),JACS (54),和Angew. Chem. (9)。论文总引用次数5800,其中他人引用5300次,H-index=44.他曾67次在国际和国内学术会议上作邀请报告或大会报告,亦被邀请在世界70多所知名大学和研究所作了80场学术报告,在学术界产生了重要影响。吴云东教授于2010年9月1日由香港科技大学全职回到北京大学深圳研究生院工作,目前其课题组主要研究方向是蛋白质-蛋白质相互作用和针对抗肿瘤、抗病毒靶点的药物设计。

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