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中国中医科学院中国医史文献研究所正式建立于1982年5月28日,隶属于中国中医科学院,上级主管单位为国家中医药管理局,2005年科技体制改革被纳入国家中医药科研创新体系,编制50人,是我国唯一的国家级医史文献研究机构。目前已形成稳定的学科队伍;建立了明确的研究方向,成为全国医史文献研究中心,是国家中医药管理局中医医史文献学科重点建设单位。
中国医史文献研究所设有所长办公室、科研教育办公室、医学史研究室、中医文献研究室、民族医学研究室、古籍数字化研究室、术语与工具书研究室、医药文物研究室(含中国医史博物馆)、《中华医史杂志》编辑部;国家知识产权战略“中医知识产权保护与利用”研究专题工作办公室、国家中医药管理局中医非物质文化遗产保护工作委员会办公室、全国科学技术名词审定委员会中医药学名词审定委员会办公室、全国民族医药标准化技术委员会秘书处设在我所;同时,也是《中华医史杂志》、中华医学会医史学分会、中华中医药学会文献分会、中华中医药学会中医药史分会、中国药学会药史专业委员会的挂靠单位。目前在岗人员42人,其中有高级职称的科研人员18名。藏书5万余册,文物1000余件等。
中国医史文献研究所建所以来,先后承担并完成国家自然科学基金会、科技部、卫生部、国家中医药管理局等各级课题50余项,正式出版著作100多部,整理出版古籍400余种,发表论文2500余篇。获得各级政府奖励30余项。目前承担的部局级以上课题24项,其中主要有医药卫生科学数据共享网-中医古籍专题数据库建设、中国传统医药申报世界非物质文化遗产研究、中医外科肛肠科皮肤科骨伤科眼科耳鼻喉科名词审定、清史医药卫生志等。
中国医史文献研究所是卫生部指定的医学史和中医文献两个专业对外教育、培训基地,为第一批博士、硕士授予点,1978年起开始建立研究生教育。先后培养博士研究生,硕士研究生100余人(含海外生源);现有博士生导师6人,硕士生导师13人,在站博士后8人,在读博士14人,硕士13人。

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